一、单位“集体研究”、“会议决定”掩护干扰
在查处涉案人员腐败问题时、所在单位不配合，特别是查一把手，其他人怕被打击报复，或牵连到自己，被调查者常遮遮掩掩，欲言又止；一些干部信奉“法不责众”，往往以“集体研究”、“会议决定”来应付调查，发现问题不上报甚至进行掩盖。
二、涉案人员单位领导说情
一些领导干部的本单位发生了违纪案件，作为分管领导和主要领导非但不反省，反而跑到纪委来说情，为下属开脱，抓业务工作和抓反腐败工作“一手硬、一手软”。
三、基层纪检反腐办案力量不足
“基层腐败问题存量大，（新型）违纪问题多，纪委人员少，办案骨干更少的问题突出”。
四、网络跟踪等办案手段落后，且受法律、制度的制约
基层纪检人员肩负案件查办、科室业务双重工作，精力难以集中。同时面对当前腐败问题智能化、科技化、隐蔽化的趋势，纪委办案设备落后，动用网络跟踪等办案手段受到法律、制度等方面制约，协调金融、通讯等相关部门难度大，往往使案件突破错失良机。
五、反腐败“过头论”、“刮风论”言论甚嚣尘上
当前案件进入了易发多发期，违纪手段越来越隐蔽，腐败潜伏期越来越长，反腐败“过头论”、“刮风论”、“影响论”、“拐点论”等错误认识甚嚣尘上。对基层纪委查办案件产生极大影响。